Третий и последний фильм из трилогии. В отличие от двух других фильмов, не является пересказом событий сериала.

После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ.