Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы и Бато начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу.

Девятый отдел разворачивает очередную операцию.